又一韩国人基因组被测序并注释[创新技巧]

【字体：大中小】 时间：2009年07月13日 来源：生物通

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　　生物通报道，首尔国立大学的研究人员近期完成了第二个韩国人基因组的测序和注释，这也是最近两年内公布的第7个完整人类基因组。这项研究发表在本周的《Nature》杂志上，是由首尔国立大学基因组医学研究所的Jeong-Sun Seo领导的。

生物通报道，首尔国立大学的研究人员近期完成了第二个韩国人基因组的测序和注释，这也是最近两年内公布的第7个完整人类基因组（详见后文的表格）。这项研究发表在本周的《Nature》杂志上，是由首尔国立大学基因组医学研究所的Jeong-Sun Seo领导的。

研究人员利用全基因组鸟枪法测序、定向的细菌人工染色体（BAC）测序和基于芯片的比较基因组杂交分析的组合，来分析和注释这个个体基因组，他的代码为AK1。研究人员认为这种组合方法能改善SNP、插入缺失和拷贝数变异（CNV）检测的准确性，并能协助拼接邻近的序列。

该小组利用了Illumina公司的Genome Analyzer测序仪来完成DNA测序。首先，他们对390个已知含有拷贝数变异的基因组区域进行测序，平均覆盖度为151倍。之后，他们进行了全基因组测序，平均覆盖度为27.8倍。据研究人员介绍，测序总共花了6周的时间，花费为20万美元。

研究小组确定在AK1基因组中大约有345万个SNP，其中59万是全新的，而10162个是非同义的。这个结果与第一个韩国人基因组的结果大致相当。韩国加川医科大学和韩国生物学信息中心完成了第一个韩国人基因组（代码为SJK）的测序。他们也是利用了Illumina的Genome Analyzer，鉴定出SJK基因组中约有343万个SNP，其中42万是新的，而9500是非同义的。结果发表在今年5月的《Genome Research》上。

Seo和他的同事将AK1基因组与过去发表的James Watson、Craig Venter、杨焕明以及非洲约鲁巴（NA18507）的基因组进行了比较。他们发现AK1基因组的SNP数量与Watson相似，但高于Venter和杨焕明，低于NA18507，“这可能反映出技术步骤或个体间变异性的差异”。

比较这5个基因组总共950万个SNP，其中21%是AK1独有的，8%是全部共享的。AK1中大约210万个SNP是杂合的，“比Venter、Watson或杨焕明基因组的SNP多样性更高，但低于NA18507”。

研究人员检测到AK1基因组中约有17万个插入缺失，范围在-29到+5个核苷酸。这个数量低于SJK基因组中发现的插入缺失。加川医科大学的研究人员鉴定出34万多个插入缺失，范围在-29到+14个核苷酸。

研究人员还利用了一些“互补”的方法来检测拷贝数变异，包括深度测序、定制设计的包含2400万个探针的CGH芯片和基因分型芯片。他们最初鉴定出1237个CNV区域，但利用保守的规则来削减，使它降至238个缺失，从277个碱基到196900个碱基，总共2.4 MB，以及77个拷贝数增加，共7 MB。在这些CNV中，有148个缺失和33个增加不在基因组变异数据库中，被认为是新的。

目前已完成的完整个人基因组图谱如下：

姓名/代码	地区/国家	测序方法	深度	SNP数量	完成/发表时间
Craig Venter	欧洲	Sanger	7.55	3075281	2007-09
James Watson	欧洲	Roche/454	7.4	3322093	2008-04
杨焕明	中国	Illumina	36	3074097	2008-11
NA18507	非洲	Illumina	40.6	4139196	2008-11
白血病患者	美国？	Illumina	32.7	2647695	2008-11
SJK	韩国	Illumina	28.95	3439107	2009-05
AK1	韩国	Illumina	27.8	3453653	2009-07